Vers 1333, à la demande des habitants qui se plaignaient de l’éloignement de l’église de Monein, Fortaner de Lescun, seigneur d’Esgoarrabaque, finança la construction d’un oratoire fondé sous l’invocation de Notre-Dame; il était « de la forma et deu gran et de la condition et estament de la glisie destialesc » (de la forme, de la taille, de la condition et de l’état de l’Eglise d’Estialescq).
Cet « oratory » (partie gauche de l’édifice actuel) fut achevé en 1403. Cette année-là, le Seigneur d’Esgoarrabaque Fortaner de Lescun passa un acte avec le Besian de Cardesse « devant l’église de Cardesse ».

De cette chapelle initiale subsiste la porte des « Cagots« , aujourd’hui inutilisée, qui s’ouvre sur le bas-côté nord de l’église. En effet, jusqu’au XVIIè siècle, il existait une minorité tenue à l’écart et composée d’habitants appelés « cagots » ou « crestias« , comme dans toutes les paroisses du Béarn et du nord de l’Espagne.
Les membres de cette minorité se mariaient exclusivement entre eux Ils n’avaient pas le droit de se mêler aux autres habitants. Ils avaient leur espace limité dans l’église et entraient donc par cette porte.

La nef, dans ses dimensions actuelles, fut construite au XVè ou au XVIè siècle. Un clocher-mur, appelé « pene« , d’une hauteur de trois cannes (5.50 m environ) se dressait à l’ouest.

Après l’intermède protestant (l’église est citée en 1578 comme « lo tenple de Cardessa »), le XVIIè siècle fut essentiellement une période de travaux d’entretien et de réparations (toit, murs, clocher).

En 1734 fut édifié le clocher-porche actuel, aux trois arches en berceau. Celui-ci fut rapidement bouché, sur deux de ses entrées, par deux appentis servant l’un de sacristie, l’autre d’école. Jusqu’au milieu du XIXè siècle, exista, attenante à l’église, une petite chapelle privée, dite « chapelle de Lacroutz« , du nom de ses propriétaires qui l’avaient faite construire.

A la fin du XVIIIè siècle fut posée, au-dessus de la porte d’entrée de l’église, sous le porche, la plaque en pierre blanche sculptée d’une croix et portant les inscriptions « INRI » et « 1780« .

En 1895, l’abbé Pourget fit construire le bas-côté sud, gagné sur le cimetière transféré alors à la sortie du village.

Les derniers travaux de restauration eurent lieu en 1992 et furent menés ou coordonnés par les paroissiens eux-mêmes.

A l’intérieur, un bénitier rectangulaire en marbre gris, dont seules trois faces sont visibles, est sculpté de la croix de Malte et de motifs floraux à six pétales inscrits dans des cercles. Sur une face, de part et d’autre d’une croix de Malte sont gravés les chiffres « 17 » et « 33 », pour la date : 1733. Une tribune en bois à deux étages surplombe l’entrée. Sur le sol de la nef, on verra, par endroits, quelques dalles funéraires des XVIIè, XVIIIè et XIXè siècles.
Une fenêtre haute, aveugle depuis la construction du bas-côté sud, présente un vitrail aux motifs géométriques surmontés d’une croix de Malte. Les deux vitraux du chœur représentent à droite Saint Jean-Baptiste et à gauche Saint Georges armé et revêtu de son armure, le dragon terrassé à ses pieds.

Chacun des deux bas-côtés est doté d’une chapelle, l’une dédiée à la Vierge Marie (bas-côté nord), l’autre à Saint-Joseph (bas-côté sud). Les retables de ces deux chapelles sont en bois peint.
Quant au retable du maître-autel, œuvre remarquable, il proviendrait de l’Eglise des Capucins à Pau. Il aurait été transféré à Cardesse à l’instigation de Nicolas de Péborde.